■　基本は生物ろ過

　まだ魚を飼った事のない方は、”ろ過器”と聞いて 恐らく”水の汚れをこし取って、水を透明にするもの。" と思われていることでしょう。
　お魚飼育に使用するろ過器は、生物ろ過を行うことが主で、見た目の浮遊物を越し取る”物理ろ過”は 補助的なものです。

■　生物ろ過とは

　魚にとっての汚れとは、アンモニアや亜硝酸といった水に溶けてしまって目に見えない汚れです。 それらの物質は魚にとって有害で、濃度が高いと（魚の種類によっては濃度が低くても）死んでしまいます。
　生物ろ過が効いた水槽の水では、それらの有害物質は発生直後に分解されるため、検出されません。

　アンモニアや亜硝酸は窒素を含んだタンパク質の分解過程で発生します。つまり、

• 食べられなかった餌。
• 魚の糞（魚に吸収されなかった分）。
• 魚などの死骸。

などが、バクテリア(1) によって分解されて発生します。

　発生してしまったアンモニアや亜硝酸は、別の種類の（場合によっては同じ種類の）バクテリア(2) によって硝酸へと分解されます。その硝酸は、水中のアルカリ性の物質と反応して、硝酸塩となります。 硝酸塩は魚にとっては無害です。（と、この場では解釈して良いでしょう。）

■　バクテリアの住居

　発生してしまうアンモニアや亜硝酸を分解してくれるバクテリア(2)の数が充分でないと、 分解が追いつきません。そこでバクテリアの住居である"ろ過器"を設置するのです。

■　酸素はバクテリアにも必要

　酸素の少ない水槽では、魚が呼吸できないばかりでなく、 バクテリアがアンモニアや亜硝酸を分解する時にも必要です。 　目に見えるような大きなゴミ・汚れが、バクテリアの住家であるろ過器に溜まると 住家が狭くなり、酸素も届かなくなります。（目詰まり）

■　補助的な"物理ろ過"

　そこで、バクテリアの住家として提供したろ材の手前に、 物理的なろ過を行う為のろ材を入れます。多くは白い綿状のもので出来ています。 定期的なメンテナンスとして、この綿状のろ材を洗ったり交換することで、 バクテリアの住む生物ろ材を洗うことを避けることができ、 生物ろ過へのダメージを最小限に抑えることができます。

■　活性炭

　また、活性炭も物理ろ過の為のろ材として重宝します。 バクテリアが充分に増える前にアンモニアや亜硝酸が発生してしまった場合、 活性炭に吸い取ってもらうことができます。 また、水の濁りや黄ばみ除去にも使用します。

　ただ、活性炭は吸い取る能力に限界がありますが、その限界は目には見えません。 水に溶け込んでいる物質の量は水槽ごとに異なるので、 ろ過を活性炭だけに頼るのは危険ですし、 万が一、薬を投与しなければならない時には、活性炭が吸い取ってしまわないように 水槽から出さなければならないので、 あくまでも目的を持って、補助的に使用するのが良いでしょう。

■　消毒

　ここまで バクテリア、バクテリア と繰り返してきたとおり、 ろ過の主役はバクテリア（菌類や原生動物など）です。 また、人間も菌類に頼って生きているのと同じく、 お魚たちも菌類に依存して生きていますから、無菌状態では生きて行けません。 ですから、生き物の居る水槽内の完全消毒という考えはアクアリウム界には無いことを知っておいて下さい。